Zoonotiskais simian putojošs vīruss Bangladešā atspoguļo dažādus pārnešanas un līdzinfekcijas modeļus

Pilns raksts Skaitļi un dati Atsauces Atsauces Metrikas Licencēšana Atkārtoti izdrukas un atļaujas PDF Kopsavilkums Simian foamy vīrusi (SFV) ir visuresoši primātos, kas nav cilvēkveidīgie primāti (NHP). Tāpat kā visos retrovīrusos, SFV reversā transkripcija izraisa rekombināciju un mutāciju. Tā kā ir pierādīts, ka vairāk cilvēku ir inficēti ar SFV nekā ar jebkuru citu pērtiķa pārnēsātu vīrusu, SFV ir potenciāli spēcīgs modelis vīrusu virusoloģijas un epidemioloģijas pētīšanai cilvēka/NHP saskarnē. Āzijā SFV, iespējams, tiek pārnesta uz cilvēkiem ar makaku kodumiem un skrāpējumiem, kas rodas ikdienas dzīves kontekstā. Mēs analizējām vairākas provīrusu sekvences no SFV gag gēna gan no cilvēkiem, gan makakiem, lai raksturotu retrovīrusu transmisiju cilvēka / NHP saskarnē Bangladešā. Šeit mēs ziņojam par pierādījumiem, ka cilvēki vienlaikus var būt inficēti ar vairākiem SFV celmiem, daži indivīdi ir inficēti gan ar autohtonu SFV celmu, gan ar SFV līdzīgu celmu, kas atrodams makakās no cita ģeogrāfiskā apgabala. Šie dati apvienojumā ar iepriekšējiem rezultātiem liecina, ka gan cilvēku veicināta makaku pārvietošanās, kas noved pie SFV nerezidentu celmu introducēšanas, gan retrovīrusu rekombinācija makakos veicina SFV daudzveidību cilvēku vidū Bangladešā.Keywords: Bangladeshemerging infectious diseaseretroviral recombinationszoonotic virusimian foamy transmisija Ievads Putu vīrusi (FV) ir retrovīrusu apakšģimene, kas ir plaši izplatīti mugurkaulnieku saimniekos, tostarp primātos, kas nav cilvēkveidīgie primāti, kaķi, govis un zirgi.1Meiering CD, Linial ML.Putu vīrusu epidemioloģijas un infekcijas vēsturiskā perspektīva. Clin Microbiol Rev2001; 14: 165–176. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] FV ir seni eksogēni vīrusi, kas tiek efektīvi pārraidīti starp saimniekiem, bet nav zināms, ka tie izraisa slimības. putojoši vīrusi un primāti. Daba2005;434:376–380. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] Lai gan gandrīz visuresošs primātos, kas nav cilvēkveidīgie primāti (NHP), simian foamy virus (SFV) nav endēmisks Homo sapiens. Cilvēku zoonozes infekcija ar SFV iepriekš ir konstatēta vairākās valstīs un dažādos starpsugu kontaktu kontekstos, tostarp NHP laboratorijas un zoodārza darbinieki Ziemeļamerikā, pērtiķu tempļa darbinieki, mājdzīvnieku īpašnieki un cilvēki, kas dzīvo ap brīvajām makakām dienvidos un dienvidaustrumos Āzijas un krūmu gaļas mednieki Centrālāfrikā. 3 Gessain A, Rua R, Betsem E, Turpin J, Mahieux R.HTLV-3/4 un putojoši putnu retrovīrusi cilvēkiem: atklāšana, epidemioloģija, dažādu sugu pārnešana un molekulārā virusoloģija. Viroloģija2013; 435: 187–199. [Crossref], [Google Scholar]Līdz šim SFV pārnešana no NHP uz cilvēku ir dokumentēta vairāk nekā 100 cilvēkiem, kas ir daudz vairāk nekā citu zināmo NHP pārnēsāto retrovīrusu pārnešanas gadījumu skaits starp sugām: simian imūndeficīta vīruss. , simian retrovirus D or simian T-cell lymphotrophic virus.3Gessain A, Rua R, Betsem E, Turpin J, Mahieux R.HTLV-3/4 and simian foamy retroviruses in humans: discovery, epidemiology, cross-species transfer and molecular virusology. . Viroloģija2013; 435: 187–199. [Crossref], [Google Scholar], 4Khabbaz RF, Heneine W, George JRet al. Laboratorijas darbinieka infekcija ar simian imūndeficīta vīrusu. N Engl J Med1994; 330: 172–177. [Crossref], [Google Scholar], 5Lerche NW, Swiss WM, Yee JLet al. Pierādījumi par inficēšanos ar līdzīgu D tipa retrovīrusu personām, kuras profesionāli pakļautas primātiem, kas nav cilvēki. J Virol2001; 75: 1783–1789. [Crossref], [Google Scholar], 6Switzer WM, Bhullar V, Shanmugam Vet al. J Virol2004;78:2780–2789. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar], 7Kalish ML, Wolfe ND, Ndongmo CBet al.Central African hunters, pakļauti simian immunodeficiency virus. Emerg Infect Dis2005; 11: 1928–1930. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] Ņemot vērā SFV augsto izplatību NHP un saskarsmes starp cilvēkiem un NHP daudzveidību un apjomu, tiek lēsts, ka visā pasaulē inficēto personu skaits var sasniegt vairākus desmitus. no tūkstošiem.8Engel G, Hungerford LL, Jones-Engel Let al.Risk assessment: a model for prognozing cross-species transfer of simian foamy virus from macaques (M. fascicularis) cilvēkiem pērtiķu templī Bali, Indonēzijā. Am J Primatol2006; 68: 934–948. [Crossref], [Google Scholar], 9Switzer WM, Shaohua T, Ahuka-Mundeke Set al.Novel Simian putojošu vīrusu infekcijas no vairākām pērtiķu sugām sievietēm no Kongo Demokrātiskās Republikas. Retroviroloģija 2012; 9: 100. [Crossref], [Google Scholar] Turklāt daži garengriezuma pētījumi ar SFV inficētiem cilvēkiem liecina, ka SFV netiek pārnesta no vienas personas uz otru. 10Boneva RS, Swiss WM, Spira TJet al. putojoši vīrusi. AIDS Res Hum Retroviruses2007;23:1330–1337. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] Faktoru raksturojums, kas ietekmē SFV zoonozes pārnešanu, var nodrošināt labāko mūsdienu modeli, lai izprastu, kā un kāpēc daži NHP vīrusi spēj izraisīt ilgstošu cilvēku inficēšanos. -cilvēka transmisija.Mūsu grupa ir pētījusi saskarni starp cilvēkiem un NHP Bangladešā pēdējo 6 gadu laikā, koncentrējoties uz infekcijas izraisītāju pārnešanu starp sugām.11Oberste MS, Feeroz MM, Maher Ket al.Characterizing the picornavirus landscape among synanthropic nonhuman primates. Bangladešā, 2007. – 2008. J Virol2013;87:558–571. [Crossref], [Google Scholar], 12Oberste MS, Feeroz MM, Maher Ket al. Dabiski iegūtas pikornavīrusa infekcijas primātiem, kas nav cilvēki, Dakas zooloģiskajā dārzā. J Virol2013; 87: 572–580. [Crossref], [Google Scholar], 13Karlsson EA, Engel GA, Feeroz MMet al. Gripas vīrusa infekcija primātiem, kas nav cilvēki. Emerg Infect Dis2012; 18: 1672–1675. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] Bangladeša ir viena no visblīvāk apdzīvotajām valstīm pasaulē, un daudzas pilsētas atrodas NHP biotopos vai to tuvumā. Vairāku NHP taksonu dzimtene ir Bangladeša, un rēzus makaka (Macaca mulatta) ir vislielākā un plaši izplatīta. izmērs un sastāvs. Primāts Conserv2013;26:115–124. [Crossref], [Google Scholar] Tā kā meža biotops turpina samazināties, mazais, ekoloģiski elastīgais rēzus plaukst cilvēka izmainītos biotopos, īpaši apgabalos, kur kultūras attieksme veicina to toleranci.15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al.Population dynamics rēzus makaku un ar to saistīto putojošo vīrusu Bangladešā. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Lai gan kontakts starp cilvēkiem un rēzus makakām notiek galvenokārt kopienās, kur makakas ir brīvā dabā, tas notiek arī reliģiskajās svētnīcās, kas kļuvušas par makaku patvērumu, un ar makaku mājdzīvnieku īpašumtiesībām. Turklāt klejotāji, kas dažādi pazīstami kā Bade vai Qalandar, ir ceļojuši pa šo reģionu gadsimtiem ilgi, gūstot iztiku, iestudējot izrādes ar apmācītām makakām. Atšķirībā no Āfrikas, pērtiķu medības krūmu gaļai Bangladešā ir reti sastopamas, tās aprobežojas ar pamatiedzīvotājiem Čitagongas kalnu traktātu apgabalos, kas robežojas ar Mjanmu.16 Chowdhury MSH, Halim M, Miah Met al. Mro cilts Chittagong Hill Tracts, Bangladešā. Int J Biodiversity Sci Manage2007;3:56–62. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar]Uzskata, ka SFV pārnešana no NHP uz cilvēku visbiežāk notiek ar kodumu palīdzību. SFV aktīvi atkārtojas inficēto pērtiķu mutes gļotādās, sasniedzot augstu koncentrāciju siekalās, kur var viegli noteikt genoma un mRNS. izraisīta imūnsupresija. J Virol2006;80:663–670. [Crossref], [Google Scholar] Tomēr salīdzinoši maz ir zināms par to, kā saimniekdatora vai vīrusa īpašības ietekmē SFV pārraidi. Pat smagi kodumi nerada ticamu infekciju. Retroviroloģija 2012; 9: 100. [Crossref], [Google Scholar] Un otrādi, daži cilvēki ar dokumentētu infekciju neatceras būtisku NHP vai NHP audu iedarbību. Citi svarīgi jautājumi par zoonozes SFV pārnešanu un infekciju joprojām nav atrisināti. Piemēram, lai gan dažiem SFV inficētiem cilvēkiem provizoriska DNS tiek atklāta gadu desmitiem ilgi; citiem indivīdiem veidojas antivielas pret SFV bez nosakāmas provirālas DNS. 3 Gessain A, Rua R, Betsem E, Turpin J, Mahieux R. Viroloģija2013; 435: 187–199. [Crossref], [Google Scholar] Joprojām ir jāatklāj, vai daži indivīdi attīra infekciju vai arī daži vīrusu celmi ir izturīgāki. Ir vajadzīgi turpmāki pētījumi, lai noteiktu, vai, līdzīgi kā SIV/HIV, kurā rekombinācija starp retrovīrusu celmiem jaunā saimniekorganismā bija pandēmijas vīrusu attīstības priekštecis, ir pierādījumi, ka VMD rekombinējas cilvēka saimniekos. Ir veikti daži pētījumi, lai noteiktu, vai SFV koncentrācija siekalās ietekmē zoonozes pārnešanu vai ne, vai kā cilvēka imūnā atbilde atvieglo vai novērš infekciju vai virēmijas turpināšanos (Soliven et al. un Matsen et al., nepublicēts). Un, lai gan dati, kas savākti citos ģeogrāfiskos apgabalos un citos cilvēku un makaku kontaktu kontekstos, ir snieguši ieskatu par to, kā demogrāfiskie mainīgie un makaka un cilvēka uzvedība veicina makaka-cilvēka agresijas iespējamību, salīdzinoši maz ir zināms par to, kā šie mainīgie ietekmē retrovīrusu 18 Fuentes A, Gamerl S. Nesamērīga vecuma/dzimuma kategoriju līdzdalība agresīvā mijiedarbībā starp garu astes makaku (Macaca fascicularis) un cilvēku tūristiem Padangtegal pērtiķu mežā, Bali, Indonēzijā. Am J Primatol2005;66:197–204. [Crossref], [Google Scholar]Šeit mēs piedāvājam datus, kas raksturo rēzus makaku iedarbību uz cilvēkiem un inficēšanos ar SFV vairākās vietās Bangladešā un pērtiķu īpašniekiem. Lielākā daļa citu pētījumu ir vērsti uz pol gēna reģionu (integrāzi), kas ir ļoti konservēts un tādējādi var neatklāt SFV variācijas, kas konstatētas inficētiem sugas indivīdiem. Mēs esam ieguvuši vairākus klonus no pilnām asinīm un sekvencējuši daļu no SFV gag gēna, kas izvēlēts virs pol, lai atklātu lielāku SFV ģenētisko variāciju, un izmantojām secības datus, lai salīdzinātu cilvēku atrasto vīrusu ar vīrusu, kas atrodams makakās, ar kurām tie mijiedarbojas . Mēs parādām, ka cilvēkus vienlaikus var inficēt vairāki SFV celmi; daži indivīdi ir inficēti gan ar autohtonu (izcelsmi, kur atrasts) SFV celmu, gan ar celmu, kas līdzīgs SFV, kas atrodams makakās no citiem ģeogrāfiskiem apgabaliem. Vecuma palielināšanās bija nozīmīgs riska faktors SFV zoonozes pārnešanai cilvēkiem. Sieviešu dzimums un hinduistu reliģija var būt saistīta arī ar paaugstinātu risku. Šie dati apvienojumā ar mūsu iepriekšējiem rezultātiem Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] liecina, ka cilvēku veicināta makaku kustība, vairākas SFV infekcijas un retrovīrusu rekombinācija veicina Bangladešas retrovīrusu daudzveidību. MATERIĀLI UN METODES Pētījuma vietas un populācijas vietnes (Siljeta, Bormi, Dhamrai, Narajanganja un Čārmaurūrija), kā arī 209 pērtiķu īpašnieki, kas pieder nomadu grupai, kuri iestudē izrādes, kurās piedalās viņu apmācītās makakas. Kopienas vietnes tika izveidotas 2007. gadā vietās, kur brīvi izplatās makaki un kur iedzīvotāji bija gatavi piedalīties garengriezuma pētījumos par infekcijas izraisītāju pārnešanu starp sugām. Mēs izlasījām pērtiķu īpašnieku izlases iespējas oportūnistiski, kad sastapām viņus ceļā uz mūsu kopienas izpētes vietām vai no tām. SFV daudzveidības analīze starp pērtiķiem no Bangladešas ir sniegta mūsu pavadošajā pētījumā. 15 Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. Rēzus makaku un saistītā putojošā vīrusa populācijas dinamika Bangladešā. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Šī pētījuma dati ir arī daļa no makaka SFV datu kopas, kas tika pētīta šajā pētījumā. Šeit mēs sniedzam īsu šajā pētījumā iekļauto lauka vietu aprakstu (1. attēls). Zoonotiskais putojošais simian vīruss Bangladešā atspoguļo dažādus pārnešanas un līdzinfekcijas modeļusVisi autori Gregorijs A Engels, Kristofers T Mazs, Khanh Soliven, Mostafa M Feeroz, Xiaoxing Wang, M Kamrul Hasan, Gunwha Oh, SM Rabiul Alam, Karen L Craig, Dana L Craig Jackson, Frederick A Matsen IV, Maxine L Linial & Lisa Jones-Engelhttps://doi.org/10.1038/emi.2013.60Publicēts tiešsaistē: 25. gada 2019. janvāris 1. attēls. Zoonotiski inficētiem cilvēkiem konstatēto SFV celmu paraugu ņemšanas vietas un daudzveidība. Cilvēki tika intervēti un ņemti paraugi piecās pilsētas vietās visā Bangladešā, kur rēzus makakas bija brīvas. Mēs nesen parādījām, ka katrā no šīm vietām makakās var noteikt SFV kodolu (-us). 15 Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. Rēzus makaku un saistītā putojošā vīrusa populācijas dinamika Bangladešā. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Rēzus SFV kodola celmi šajā kartē ir marķēti ar krāsām. Cilvēkiem (apzīmēti ar “BGH”), kuri tika inficēti ar SFV, mēs no pilnām asinīm ieguvām vairākus klonus un sekvencējām daļu SFV gag gēna. Secības dati tika izmantoti, lai salīdzinātu cilvēku atrasto vīrusu ar vīrusu, kas atrodams šīs vietas makakās. Apļa (-u) krāsa blakus katram BGH identifikatoram nozīmē SFV celmu, kas tika atklāts šiem cilvēkiem. Ņemiet vērā, ka četri no subjektiem vienlaikus bija inficēti ar vairākiem SFV celmiem un ka daži indivīdi ir inficēti gan ar autohtonu (izcelsme, kur atrasts) SFV celmu, gan ar celmu, kas līdzīgs SFV celmam, kas atrodams citu ģeogrāfisko apgabalu makakos. nks, nav zināms avots.Parādīt pilnu izmēru 1. attēls. Paraugu ņemšanas vietas un SFV celmu daudzveidība, kas konstatēta zoonotiski inficētiem cilvēkiem. Cilvēki tika intervēti un ņemti paraugi piecās pilsētas vietās visā Bangladešā, kur rēzus makakas bija brīvas. Mēs nesen parādījām, ka katrā no šīm vietām makakās var noteikt SFV kodolu (-us). 15 Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. Rēzus makaku un saistītā putojošā vīrusa populācijas dinamika Bangladešā. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Rēzus SFV kodola celmi šajā kartē ir marķēti ar krāsām. Cilvēkiem (apzīmēti ar “BGH”), kuri tika inficēti ar SFV, mēs no pilnām asinīm ieguvām vairākus klonus un sekvencējām daļu SFV gag gēna. Secības dati tika izmantoti, lai salīdzinātu cilvēku atrasto vīrusu ar vīrusu, kas atrodams šīs vietas makakās. Apļa (-u) krāsa blakus katram BGH identifikatoram nozīmē SFV celmu, kas tika atklāts šiem cilvēkiem. Ņemiet vērā, ka četri no subjektiem vienlaikus bija inficēti ar vairākiem SFV celmiem un ka daži indivīdi ir inficēti gan ar autohtonu (izcelsme, kur atrasts) SFV celmu, gan ar celmu, kas līdzīgs SFV celmam, kas atrodams citu ģeogrāfisko apgabalu makakos. Sylhet atrodas valsts ziemeļaustrumu daļā, 35 km attālumā no robežas ar Indijas Asamas provinci, un tā ir trešā lielākā Bangladešas pilsēta. Apmēram 125 makaku populācija atrodas Shah Jalal svētnīcā pilsētas centrā. Siljeta makakas atrodas pāri svētnīcas vietai un tieši blakus esošajai apkārtnei. Šah Džalala makakus regulāri apgādā svētnīcas darbinieki, un tie bieži saņem ēdienu no svētnīcas apmeklētājiem. Pētījumā piedalījās 50 cilvēki, kas dzīvo netālu no svētnīcas.BormiBormi pilsētā, kas atrodas aptuveni 200 km uz ziemeļiem no Dakas, visā ciematā izplatās vairāk nekā XNUMX rēzus makaku, kas brīvi pārvietojas starp hinduistu un musulmaņu apgabaliem, bieži vien iekļūstot mājās meklējumos. no pārtikas. Lai gan daži Bormi iedzīvotāji laiku pa laikam piedāvā makakiem ēdienu, organizēta ēdināšana netiek veikta. Šajā pētījumā piedalījās 105 cilvēki no Bormi. Dhamrai Dhamrai pilsēta atrodas 40 km uz dienvidrietumiem no Bormi. Dhamrai brīvi izplatās aptuveni 75–100 makaku. Makaki dod priekšroku apgabaliem ar lielu ēnu un augļu kokiem, kas biežāk sastopami hinduistu apkaimēs. Tāpat kā Bormi, nav organizēta makaku nodrošināšana. Šajā datu kopā tika iekļauti deviņi subjekti no Dhamrai. Narayanganj Rēzus makaku populācija šajā apgabalā turpina samazināties, jo pilsētu attīstība izspiež zaļās zonas. Aptuveni 60 makaku šajā pilsētā nav nodrošinātas un nav labi pieradušas pie cilvēkiem. Pētījumā piedalījās trīsdesmit seši cilvēki no Narayanganj. Vairāk nekā 200 makaku šajā teritorijā nodrošina vietējā organizācija centrālajā vietā, un bagātīgās zaļās zonas šajā mazajā pilsētā nodrošina dabiskus koridorus, pa kuriem dzīvnieki plaši izplatās. Pētījumā piedalījās četrdesmit pieci cilvēki no Čārmagūrijas. Vašingtonas Universitātes Cilvēku priekšmetu pārskata padome (23055) un analoga pārskata padome apstiprināja darbā pieņemšanu, informētu piekrišanu un paraugu ņemšanas protokolus, tostarp SFV pozitīvu indivīdu novērošanu. Jahangirnagar universitāte, Bangladeša. Cilvēku bioloģiskie un demogrāfiskie dati tika kodēti ar unikāliem, anonīmiem identifikatoriem, kas sākās ar “BanGladesh Human” (BGH). Katrā kopienas vietnē Bangladešas komandas locekļi uzsāka saziņu ar apkārtnes vadītājiem un noteica centrālo vietu datu vākšanas makaku diapazonā. Pēc tam Bangladešas komandas locekļi sadarbojās ar kopienas iedzīvotājiem un izklaidējās kājām, lūdzot piedalīties cilvēkiem, kuri sevi identificēja kā makaku sakosti vai ievainoti. Subjektu iekļaušanas kritēriji ietvēra vecumu, kas vecāks par 18, pašu ziņotu pakļaušanu NHP un/vai ilgstošai (>20 gadiem) dzīvošanai ciematā. No visiem subjektiem tika saņemta rakstiska informēta piekrišana. Demogrāfiskie dati un dati, kas raksturo NHP iedarbību, tika iegūti, izmantojot anketu, ko vietējais valoda bengāļu valoda administrēja. Desmit mililitrus pilnu asiņu no katra subjekta antecubital vēnas savāc mēģenē, kas satur etilēndiamīna tetraetiķskābi, uzglabā uz ledus ne ilgāk kā 12 stundas, pēc tam centrifugē. Pilnas asinis un plazmas alikvotas līdz analīzei tika uzglabātas –80 ° C temperatūrā. Vaiga gļotādas paraugu iegūšanai tika izmantoti Whatman sterilie Omni tamponi (Whatman, Piscataway, NJ, ASV). Tamponi tika nekavējoties ievietoti 500 µL Qiagen buferšķīdumā RLT (Qiagen, Valensija, CA, ASV), kas atdzesēti uz ledus ne ilgāk kā 12 stundas, pirms tos sasaldēja -80 ° C temperatūrā līdz analīzei. Šīs metodes būtībā ir identiskas tām, kuras mēs izmantojām, lai iegūtu un uzglabātu bioloģiskos paraugus, kas iegūti no makakām. 15 Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. Rēzus makaku un saistītā putojošā vīrusa populācijas dinamika Bangladešā. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Atkārtota paraugu ņemšana no apstiprinātiem SFV pozitīviem cilvēkiem Ja cilvēkam tika konstatēts SFV pozitīvs ar polimerāzes ķēdes reakciju (PCR), pētnieku grupa mēģināja sazināties un atkārtoti paraugu iegūt apmēram 1 gadu pēc sākotnējās paraugu ņemšanas . Bioloģisko paraugu ņemšanas protokoli SFV pozitīvo subjektu papildu paraugu ņemšanai bija tādi paši kā sākotnējās paraugu ņemšanas laikā. Turklāt SFV pozitīvie subjekti saņēma īsu fizisko eksāmenu un tika savākta padziļināta slimības vēsture.Rēzus makaku paraugu ņemšanaMūsu pavadošais manuskripts šim projektam15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al.Population dynamics of Rhesus macaques and related foamy virus in Bangladesh. Jauni mikroorganismi inficē2013;2:e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] nodrošina visus dzīvnieku paraugu ņemšanas un laboratorijas protokolus. Šajā pētījumā ir iekļautas SFV gag sekvences no kopumā 184 rēzus makakām (2. attēls). Šajā datu kopā mēs iekļaujam arī secības, kas iegūtas no četriem rēzus, divi no Dhamrai un divi no Bormi, ka mēs varējām veikt atkārtotu paraugu ņemšanu divus gadus pēc to sākotnējās paraugu ņemšanas. Zoonotisks putojošs vīruss Bangladešā atspoguļo dažādus pārnešanas un vienlaikus infekcijas modeļus Visi autori Gregorijs A Engels, Kristofers T Mazais, Khanh Soliven, Mostafa M Feeroz, Xiaoxing Wang, M Kamrul Hasan, Gunwha Oh, SM Rabiul Alam, Karen L Craig, Dana L Jackson, Frederick A Matsen IV, Maxine L Linial & Lisa Jones-Engelhttps: //doi.org/10.1038/emi.2013.60 Publicēts: 25. gada 2019. janvārī 2. attēls Asins celmu klasifikācija pērtiķiem no paraugu ņemšanas populācijām. Katram pērtiķim (A) ir parādīta krāsu josla, kas atbilst pērtiķu paraugu ņemšanas populācijai, un krāsainas flīzes, kas atbilst celmiem, kas novēroti šī pērtiķa asins paraugā, kas parādīts (B). Celmi, kas nav kodols, ir marķēti saskaņā ar rekombinantajām attiecībām, kas noteiktas ar vecāku celmiem. Pozitīvas atbilstības cBrother analīzē definē ar vismaz 90% varbūtību 200 vai vairākiem blakus esošiem bāzes pāriem. Genoma reģioni, kas neatbilst nevienam vecāku celmam, kas pārsniedz šo slieksni vismaz 200 nt, tika atzīmēti kā nks (nav zināms avots). Šī ir šī pētījuma pavaddokumenta vienkāršota versija, 15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. Rēzus makaku un saistītā putojošā vīrusa populācijas dinamika Bangladešā. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar], bet ar atjauninātu celmu klasifikāciju.Rādīt pilnā izmērā 2. attēls Asins celmu klasifikācija pērtiķiem no paraugu ņemšanas populācijām. Katram pērtiķim (A) ir parādīta krāsu josla, kas atbilst pērtiķu paraugu ņemšanas populācijai, un krāsainas flīzes, kas atbilst celmiem, kas novēroti šī pērtiķa asins paraugā, kas parādīts (B). Celmi, kas nav kodols, ir marķēti saskaņā ar rekombinantajām attiecībām, kas noteiktas ar vecāku celmiem. Pozitīvas atbilstības cBrother analīzē definē ar vismaz 90% varbūtību 200 vai vairākiem blakus esošiem bāzes pāriem. Genoma reģioni, kas neatbilst nevienam vecāku celmam, kas pārsniedz šo slieksni vismaz 200 nt, tika atzīmēti kā nks (nav zināms avots). Šī ir šī pētījuma pavaddokumenta vienkāršota versija, 15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. Rēzus makaku un saistītā putojošā vīrusa populācijas dinamika Bangladešā. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar], bet ar atjauninātām celmu klasifikācijām.SFV noteikšana Western blotRhesus macaque fibroblast Telo-RF šūnu līnija19 Kirchoff V, Wong S, St JS, Pari GS. rēzus rodinovīrusa (RRV) augšana. Arch Virol2002; 147: 321–333. [Crossref], [Google Scholar] bija inficēts ar SFV M. mulatta vai M. fascicularis vai atstāti neinficēti. Pēc 48 stundām šūnas tika lizētas 1 × nātrija dodecilsulfāta parauga buferšķīdumā (50 mM Tris-HCl (pH 6.8), 10% glicerīns, 2% nātrija dodecilsulfāts, 5% 2-merkaptoetanols, 0.01% bromfenola zilais) un paraugi elec. troforē caur 10% poliakrilamīda gēliem. Pēc olbaltumvielu pārnešanas uz polivinilidēndifluorīda membrānām (Millipore Billerica, MA, ASV) membrānas tika bloķētas ar fosfātu buferšķīdumā+0.05% Tween-20, kas satur 2% beztauku sausā piena, un noskaloja ar ūdeni un atstāja nožūt. Tika izgatavotas sloksnes, no kurām katra saturēja trīs joslas (molekulāras marķieris, neinficēti Telo-RF un inficēti Telo-RF šūnu lizāti) un pievienoja primāro antivielu (cilvēka plazmu) atšķaidījumā 1∶20 un inkubēja nakti 4 ° C temperatūrā. Sloksnes trīs reizes mazgāja ar fosfātu buferšķīdumā + 0.05% Tween-20, pirms pievienoja sekundāro kazu anti-cilvēka mārrutku peroksidāzi (Thermo Scientific un GE Healthcare Rochester, NY, ASV) atšķaidījumā 1∶5000 1 stundu istabas temperatūrā. . Sloksnes tika mazgātas vēl trīs reizes, pirms tās tika izskalotas ar ūdeni un uzklāt 3,3 ′, 5,5′-tetrametilbenzidīna stabilizētu substrātu mārrutku peroksidāzei (Promega Madision, WI, ASV), lai vizualizētu joslas. Plazma no BGH4, zināma SFV pozitīva cilvēka 20Jones-Engel L, May CC, Engel GAet al. Emerg Infect Dis2008; 14: 1200–1208. [Crossref], [Google Scholar] tika izmantota kā pozitīva kontrole.DNS izolācija no pilnām asinīm Kopējā genoma DNS tika iegūta no cilvēka asinīm, izmantojot QIAamp DNS asins mini komplektu (Qiagen) saskaņā ar ražotāja protokolu. Mēs ekstrahējām DNS no 200 µl pilnas asiņu. Attīrītā DNS tika eluēta 200 µL buferšķīduma AE. Gag un pol fragmentu PCR amplifikācija no genoma DNS Kopā 15 µL izolētās DNS tika izmantota gag vai pol fragmentu PCR amplifikācijai ar divu kārtu PCR. Pirmās kārtas PCR bija multipleksa reakcija gan ar gag, gan pol primeriem (praimeru secība: G1 (+) (nt 114–134, ņemta no SFV1 GeneBank secības NC_001364 NC_001736) 5′-AGG ATG GTG GGG ACC AGC TA-3′; (−) (nt 2–1451) 1433′-CAG GAA GAG GTA CTC GGG G-5′; P3 (+) (nt 1–5179) 5200′-GCC ACC CAA GGA AGT TAT GTG G-5′; P3 ( -) (nt 2–5768) 5749′-GCT GCC CCT TGG TCA GAG TG) -5 ′. Reakcijas tika denaturētas 95 ° C temperatūrā 3 minūtes, kam sekoja divi cikli 95 ° C temperatūrā 30 sekundes, 38 ° C 1 minūti, 72 ° C 1 minūti, pēc tam seko 25 cikli 95 ° C temperatūrā 30 sekundes , 52 ° C 1 min un 72 ° C 1 min. Ūdens tika izmantots kā negatīva kontrole. 2 µL PCR produkta tika izmantoti kā veidne otrās kārtas PCR. Gan gag, gan pol primers (G3 (+) (nt 190–212) 5′-CAA CCT AGA TGG AGA GCT GAA GG-3 ′; G4 (-) (nt 1425–1406) 5′-GGG GAC AAA CTA CGG CTG GG-3 ′; P5 (+) (nt 5339–5361) 5′-TAA TCC TCC AGG GTA TCC AAA A-3 ′; P6 (-) (nt 5728–5707) 5′-ATA CCA TCG ACT ACT ACA AGG A-3 ′) tika izmantoti, lai pastiprinātu atsevišķus fragmentus. Reakcijas tika denaturētas 95 ° C temperatūrā 3 minūtes, kam sekoja 35 cikli 95 ° C temperatūrā 30 sekundes, 52 ° C 1 minūti un 72 ° C 1 minūti. Paredzamie PCR produktu izmēri gag un pol ir attiecīgi 1235 bps un 390 bps. Gag fragmentu klonēšana un sekvencēšana FV PCR produkti tika želejas attīrīti, izmantojot QIAquick gēla ekstrakcijas komplektu (Qiagen) saskaņā ar ražotāja protokolu. Attīrītie fragmenti tika ligēti TOPO-TA klonēšanas vektorā (Invitrogen, Carlsbad, CA, ASV) un pārveidoti par Escherichia coli TOP10 kompetentajām šūnām (Invitrogen). Katram gag paraugam tika atlasītas vairākas atsevišķas kolonijas, un plazmīdas DNS tika attīrīta un sekvencēta. Sekvencēšana tika veikta, izmantojot M13 priekšējos un reversos primerus, kā arī iekšējos priekšējos un reversos primerus gag, ko veica Vašingtonas Universitātes Genomics Facility vai GeneWiz Inc. (Sietla, Vašingtona, ASV). Vīrusu celmi tiek apzīmēti, izmantojot mazos burtus, lai tos atšķirtu no ģeogrāfiskajām vietām, kur tika ņemti paraugi no cilvēkiem vai makakiem (piemēram, Dhamrai ir pētījuma vieta, kur tika konstatēts dhamrai kodols celms.)RNS izolēšana no vaiga uztriepēmSasaldēti vaigu uztriepju paraugi RLT buferšķīdumā. (Qiagen) tika atkausēti 37 ° C temperatūrā 15 minūtes ar 40 U RNaseOUT ribonukleāzes inhibitora (Invitrogen) un 1 U RNāzes nesaturošas DNāzes I (Promega) tieši pirms RNS ekstrakcijas. Kopējā RNS tika ekstrahēta saskaņā ar standarta protokolu, izmantojot RNeasy Mini Kit (Qiagen). RNS vēlreiz apstrādāja ar 40 U RNaseOUT un 1 U DNāzes I, kas nesatur RNāzi, 37 ° C temperatūrā 1 stundu. Pēc tam paraugus inkubēja 65 ° C temperatūrā 15 minūtes, lai inaktivētu fermentus. RNS tika uzglabāta -20 ° C temperatūrā turpmākai lietošanai. Vaigu tamponu RNART-PCR reversā transkripcijas-PCR (RT-PCR) tika veikta, lai klonētu daļējas gag sekvences (1235 bp) no vaigu tamponu RNS. Pirmās virknes cDNS tika sintezēts, izmantojot Thermoscript RT-PCR sistēmu (Invitrogen) saskaņā ar ražotāja protokolu, izmantojot Oligo (dT) 18 grunti. RT reakcijas tika inaktivētas 85 ° C temperatūrā 5 minūtes. Iegūtās cDNS tika izmantotas kā veidne divām kārtām PCR, kā aprakstīts iepriekš pilnas asins FV gag amplifikācijai. Analīze Klasterizācijas metodes un hipermutācijas analīze Šajā pētījumā pārbaudītās sekvences liecināja par APOBEC3 mediētu hipermutāciju. Rūpīga šīs darbības analīze ir sniegta Matsen et al. (nepublicēts). Šī analīze radīja iespējamas negatīvas secības ar hipermutāciju, noņemot kolonnas, par kurām ir aizdomas par hipermutāciju. Šīs izlīdzināšanas tika izmantotas atlikušajās šī pētījuma analīzēs, lai izvairītos no hipermutācijas un patiesa filoģenētiskā signāla sajaukšanas. Filoģenētiskās analīzes Filogenētiskais koks tika izveidots no izlīdzināšanas bez hipermutācijas, izmantojot FastTree 2.1.7.21Cena MN.DPAAP FastTree: lielu minimālo evolūcijas koku aprēķināšana ar profiliem, nevis attāluma matrica. Mol Biol Evol2009; 26: 1641–1650. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar], 22Price MN, Dehal PS, Arkin AP.FastTree 2-aptuveni maksimālās iespējamības koki lieliem izlīdzinājumiem. PLoS ONE2010; 5: e9490. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] Šis koks tika vizualizēts, izmantojot Archeopteryx (https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/archaeopteryx). No tā paša līdzinājuma SplitsTree 4.12.823Huson DH, Braients D. Filoģenētisko tīklu pielietošana evolūcijas pētījumos. Mol Biol Evol2006; 23: 254–267. Sadalījumu tīkla izveidei tika izmantoti [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] .Celma analīzeCilves tika identificētas, izlaižot hipermutācijas negatīvo līdzinājumu, izmantojot atkārtotu klasterizācijas algoritmu. Tika konstatēts, ka viena lietojumprogramma UCLUST v1.124Edgar RC. Bioinformātika 2010; 26: 2460–2461. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] radīja vājus klasterizācijas rezultātus algoritma mantkārīgā rakstura dēļ. Tika ieviests iteratīvs atjaunināšanas algoritms, ko ieteica UCLUST autors vietnē http://drive5.com/usearch/manual/recenter.html, kas labi risināja šo problēmu. Katrai klasterizācijas kārtai iepriekšējās kārtas vienprātības secības tika pievienotas neatvērtas līdzināšanas augšai, klasteru lieluma secībā no lielākās līdz mazākajai. Šai iterācijai klasterizācija tika veikta, izmantojot cluster_smallmem, radot jaunas vienprātības secības un kopas. Šo procesu atkārtoja divas reizes. Klasteru uzdevumus vēl vairāk precizēja ar skriptu, kas atrada katras kopas patieso centrālo daļu, kā to nosaka secība ar minimālu vidējo normalizēto Hamming attālumu līdz katrai citai kopas secībai. Pēc tam skripts tika pārbaudīts, lai pārliecinātos, ka katra secība ir apvienota ar simtdaļu, kurai tā bija vistuvāk (atkal, kā noteikts pēc normalizētā Hamming attāluma), pēc vajadzības veicot pārkārtojumus. Šis iteratīvais algoritms tika piemērots, izmantojot 97.77%slieksni. Šis slieksnis, kaut arī nedaudz augstāks nekā tas, kas tika izmantots mūsu pavadoņa pētījumā, 15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. Rēzus makaku un saistītā putojošā vīrusa populācijas dinamika Bangladešā. Emerg Microbes Infect2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] labāk atspoguļo nedaudz zemāku secību daudzveidības apjomu, noņemot kolonnas, par kurām ir aizdomas par hipermutāciju. Kā minēts iepriekš, vīrusu celmi tiek apzīmēti ar mazajiem burtiem, lai tos atšķirtu no ģeogrāfiskajām vietām, kur tika ņemti paraugi no cilvēkiem vai makakiem (piemēram, Dhamrai ir pētījuma vieta, kur galvenokārt tika atrasts dhamrai kodols.) Statistikas metodes Demogrāfisko mainīgo statistikas analīze tika veikta. veikta, izmantojot JMP (SAS Institute, Cary, NC, ASV) statistikas programmatūras pakotni; ārkārtas tabulu analīze tika veikta ar R fisher.test funkciju.25 R Core Team. R: Valoda un vide statistikas aprēķiniem. Vīne: Statistikas skaitļošanas fonds, 2012. [Google Scholar] REZULTĀTI Demogrāfiskie dati, ieskaitot iedarbību uz NHPPiecu gadu laikā, 5. – 2007. Gadā, bioloģiskie paraugi tika savākti no 2011 cilvēkiem.

Atstāj ziņu 

Message saraksts